Surveillance des eaux usées : Détection des variantes du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées en Ontario

Ontario Genomics, l'Université de Guelph, l'Université d'Ottawa et le CHEO annoncent une initiative novatrice qui vise à analyser la COVID-19 dans les eaux usées afin d'améliorer les interventions en santé publique et de mieux comprendre les éclosions dans les communautés de l'Ontario.

 

Le 2 juin 2021 – Ontario Genomics, Génome Canada et Illumina investissent dans une initiative de surveillance des eaux usées du SRAS-CoV-2, la première du genre en Ontario. Ce projet d'avant-garde améliorera la coordination et la surveillance virale essentielles à l'échelle de la province et appuiera les efforts provinciaux et nationaux visant à comprendre comment le virus responsable de la COVID-19, le SRAS-CoV-2, évolue au fil du temps. 

Ce projet est rendu possible grâce à un investissement de plus de 338 000 $ de Génome Canada, de Ontario Genomics et d'Illumina. Le financement appuie les efforts de recherche à l'échelle de l'Ontario, dirigés par le D^r Lawrence Goodridge, de l'Université de Guelph, et codirigés par le D^r Rob Delatolla, de l'Université d'Ottawa. Il exploite également la puissance d'un vaste réseau de recherche et de santé publique composé de membres et de collaborateurs de tout l'Ontario et du Canada – avec entre autres, le CHEO, un centre de soins et de recherche pédiatrique à Ottawa, l'Université de Waterloo, l'Université de Windsor, et l'Université Ryerson.

« Je suis fière du leadership de l'Ontario en matière de surveillance du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées. Grâce à une approche coordonnée, qui tire parti des ressources et des capacités approfondies de la province en matière de génomique, ce projet fournira des signaux précoces de changements viraux inquiétants et fournira à la santé publique des données probantes pour une prise de décision rapide », a déclaré D^re Bettina Hamelin, présidente et directrice générale de Ontario Genomics. « Notre vision de bout en bout de l'écosystème génomique de l'Ontario a permis à Ontario Genomics de briser les silos et d'exploiter l'expertise en génomique dans la lutte contre la COVID-19. »

Depuis le début de la pandémie, de nombreux pays utilisent la surveillance des eaux usées pour identifier les épidémies potentielles avant qu'elles ne soient détectées chez les personnes par des tests cliniques. Le SRAS-CoV-2 peut être détecté dans les déchets humains jusqu'à une semaine avant que les individus ne développent des symptômes et chez les personnes qui restent asymptomatiques mais qui peuvent propager le virus. En recueillant les matières fécales dans les principaux sites de collecte des eaux usées (par exemple, les établissements de soins de longue durée, les écoles, les universités, etc.), il est possible d’obtenir un signe d'alerte précoce et d’ainsi tenter d’empêcher la propagation du virus par des interventions locales de santé publique.

« L'utilisation de la surveillance des eaux usées pour aider à prédire le nombre de cas de COVID-19 en Ontario est un excellent exemple de l'adaptation de la recherche génomique face à la pandémie. Cela démontre comment des investissements soutenus et à long terme dans la recherche en génomique nous préparent à l'imprévu », a déclaré le D^r Rob Annan, président et chef de la direction de Génome Canada. « Génome Canada se réjouit d'aider à tirer parti de cette importante initiative pour en faire des solutions nationales en vue de la préparation future à une pandémie. »

Plusieurs juridictions au Canada, y compris l'Ontario par le biais de l'Initiative de surveillance des eaux usées du gouvernement ontarien, ont utilisé une technologie de surveillance (qRT-PCR) pour surveiller les niveaux de SRAS-CoV-2 au fil du temps. En tirant parti des techniques génomiques modernes (métagénomique), ce projet permettra aux chercheurs d'identifier les variants préoccupants (VOC) connus tout en gardant une longueur d'avance sur les nouvelles modifications virales émergentes qui pourraient devenir préoccupantes. La participation de l'équipe de recherche à l'initiative de surveillance des eaux usées et les partenariats solides entre l'équipe de recherche et les agences de santé publique garantissent que les résultats seront partagés en temps réel pour une action rapide si nécessaire.

« Seul un petit pourcentage d'échantillons cliniques en Ontario est séquencé pour identifier les COV », a déclaré le D^r Lawrence Goodridge, titulaire de la chaire de la famille Leung en sécurité alimentaire et directeur de l'Institut canadien de recherche sur la sécurité alimentaire de l'Université de Guelph. « Ce financement opportun de Ontario Genomics et de Génome Canada, ainsi que d'Illumina, permettra de surveiller les COV dans les eaux usées, ce qui augmentera nos connaissances concernant les COV qui circulent dans la population générale. »

« Grâce à cet investissement, les responsables de la santé publique et les chercheurs seront en mesure de mieux interpréter la multitude de données sur la santé publique que nous jetons dans les toilettes tous les jours », a rajouté le D^r Tyson Graber, associé de recherche de l'Institut de recherche du CHEO. « Il est étonnant de voir à quelle vitesse ce domaine scientifique a mûri depuis le début de la pandémie; en partant de projets de recherche fondamentale dans des laboratoires universitaires pour arriver à un programme de surveillance utilisé par les unités de santé publique à travers l'Ontario, fournissant une image plus claire de la façon dont la COVID-19 affecte leur communauté. C'est un excellent exemple de la façon dont la science ouverte et la collaboration entre les disciplines peuvent profiter à tous les Ontariens. »

« Nous disposerons désormais d'un outil épidémiologique éprouvé à l'échelle de la province pour identifier les signes de prévalence virale avant une éclosion », a déclaré le professeur Robert Delatolla, professeur agrégé à la Faculté de génie de l'Université d'Ottawa et codirecteur du projet. « Il s'avérera un atout pour les unités de santé publique locales dans notre lutte commune contre le SRAS-CoV-2. »

Principaux faits

• La surveillance des eaux usées peut fournir des informations essentielles sur la propagation de la COVID-19 dans la communauté plus rapidement que les résultats des tests individuels ou les rapports de maladie. 
• La génomique, l'étude de l'ADN pour des solutions axées sur l'innovation, joue un rôle essentiel dans le développement de la surveillance, des diagnostics, des vaccins et des réponses de santé publique de la COVID-19.
• Les variantes préoccupantes (VOC) présentent des mutations qui les rendent plus transmissibles et/ou plus susceptibles de provoquer une maladie grave avec un taux de mortalité plus élevé.
• La métagénomique permet de détecter toutes les variantes du SRAS-CoV-2 dans un échantillon mixte, comme celui que l'on trouve dans les eaux usées, ce qui permet une surveillance au niveau de la population des variantes qui circulent dans une population ou une communauté.
• Cet investissement de 338 000 $ soutient la coordination des ressources métagénomiques de surveillance des eaux usées COVID-19 dans neuf centres de recherche et institutions partenaires de l'Ontario, en plus de l'Agence nationale de santé publique du Canada (Laboratoire national de microbiologie).
• Les partenaires financiers incluent Génome Canada, Ontario Genomics et Illumina.

Citations additionnelles

« Ce programme provincial de surveillance des variantes préoccupantes de la COVID-19 témoigne du travail scientifique multidisciplinaire pionnier de l'équipe de l'Institut de recherche du CHEO et de l'Université d'Ottawa, en partenariat avec Santé publique Ottawa. Ensemble, ils ont fait du nombre d'eaux usées une mesure couramment rapportée et ont aidé les gens à prédire la prévalence de la maladie dans la communauté. » - D^r Jason Berman, PDG et directeur scientifique de l'Institut de recherche du CHEO.

« Illumina est fière de participer au soutien de cet effort visant à donner aux chercheurs et aux experts en santé publique les données de séquence des génomes du SRAS-CoV-2. Les détails supplémentaires fournis par les approches de séquençage des pathogènes du génome entier rendues possibles par Illumina permettront de mieux informer les stratégies de surveillance des maladies infectieuses de l'Ontario et de préparer le réseau à une stratégie à plus long terme pour une surveillance plus large des pathogènes. » - Michael Gallad, directeur principal, Canada et Amérique latine, Illumina.

« L'Université de Guelph est ravie et reconnaissante envers Ontario Genomics, Génome Canada et Illumina pour leur généreux soutien à ce partenariat de surveillance virale de pointe, qui arrive à point nommé. Cet investissement judicieux renforcera notre solide partenariat avec l'Université d'Ottawa et permettra aux professeurs Goodridge et Delatolla d'effectuer une surveillance vitale des pathogènes viraux fondée sur la génomique, et ainsi de protéger la santé publique et d'améliorer la vie. » - D^r Malcolm Campbell, vice-président (recherche), Université de Guelph.

« L'Université d'Ottawa est extrêmement reconnaissante de ce financement de Ontario Genomics, de Génome Canada et d'Illumina, qui permettra l'expansion de la surveillance des eaux usées dans toute la province. Ce projet novateur a montré comment de solides collaborations de recherche multisites peuvent avoir un impact pertinent dans nos communautés. » - D^r Sylvain Charbonneau, vice-président, Recherche, Université d'Ottawa.

À propos de Ontario Genomics

Fondée en 2000, Ontario Genomics (OG) est un organisme sans but lucratif qui dirige l'application de solutions fondées sur la génomique pour stimuler la croissance économique, améliorer la qualité de vie et assurer le leadership mondial de l'Ontario. Ontario Genomics joue un rôle essentiel dans l'avancement de projets et de programmes comme la surveillance des eaux usées en soutenant l'élaboration de leurs propositions, en les aidant à accéder à diverses sources de financement et en trouvant les bons partenaires industriels pour sortir cette recherche du laboratoire et l'appliquer aux défis les plus pressants du monde. Depuis sa création en 2000, Ontario Genomics a recueilli plus de 1,27 milliard de dollars pour la recherche appliquée en génomique en Ontario et a soutenu directement plus de 9 100 stagiaires et emplois. Nous avons plus de 110 projets actifs, plus de 500 partenariats ayant un impact et nous avons obtenu 1,34 milliard de dollars en investissements de suivi.

À propos de l'Université de Guelph

L'Université de Guelph, l'une des meilleures universités polyvalentes et à forte intensité de recherche du Canada, s'étend des centres urbains aux communautés rurales. Fondée en 1964, l'Université jouit d'une réputation d'innovation et d'excellence qui remonte à plus de 150 ans avec ses collèges fondateurs : Le Collège vétérinaire de l'Ontario, le Collège agricole de l'Ontario et l'Institut Macdonald. Aujourd'hui, les sept collèges de l'Université de Guelph mènent des activités d'enseignement et de recherche de pointe dans les domaines des sciences physiques et de la vie, des affaires, des arts, des sciences sociales et des sciences agricoles et vétérinaires. Nous comptons près de 30 000 étudiants de premier cycle et de deuxième cycle sur les campus de Guelph, Toronto et Ridgetown, et 185 000 anciens élèves dans plus de 160 pays du monde entier. L'Université de Guelph, et tous ceux qui y étudient, explorent, enseignent et travaillent ici, sont engagés dans un objectif simple et commun : améliorer la vie.

L’Université d’Ottawa : Un carrefour d’idées et de cultures

L’Université d’Ottawa compte plus de 50 000 étudiants, professeurs et employés administratifs qui vivent, travaillent et étudient en français et en anglais. Notre campus est un véritable carrefour des cultures et des idées, où les esprits audacieux se rassemblent pour relancer le débat et faire naître des idées transformatrices. Nous sommes l’une des 10 meilleures universités de recherche du Canada; nos professeurs et chercheurs explorent de nouvelles façons de relever les défis d’aujourd’hui. Classée parmi les 200 meilleures universités du monde, l’Université d’Ottawa attire les plus brillants penseurs et est ouverte à divers points de vue provenant de partout dans le monde.